생물간의 유사성과 차이를 통해 근연관계와 그 계통을 유추하고자 하는 것이 진화론의 방법이기는 하지만 분자수준에서 유사성은 재고 되어야 한다. 분자의 생화학적 상동현상이 공통의 조상으로부터 진 화했다는 증거가 될 수 없다는 애기다. 이제껏 진화론에 근거한 생 물종간 비교와 아미노산 배열의 예는 거의 진화론을 지지하는 쪽으 로 보고되고 있다. 그러면 다음과 같은 예는 진화론적으로 어떻게 설명할 수 있을까?
여러 동물의 체내에 존재하는 단백질인 인슐린의 아미노산 차이를 한번 비교해보자. 인슐린을 이루는 아미노산의 구 조가 닭, 오리, 타조의 경우에는 거의 유사하며, 생쥐와 토끼도 서 로 닮아있다. 그런데 가다랭이(bonito)라는 물고기의 인슐린 구조는 같은 어류인 복어(toadfish)보다 오히려 닭이나 오리, 사람등과 더 유사한 것으로 나타났다. 또한 생쥐는 가까운 돼지보다는 오히려 닭, 방울뱀, 가다랭이와 더 가까운 것으로 나타났다.
다른 예로 시토크롬 C는 에너지 대사에 중요한 효소인데 104개의 아미노산으로 이뤄져 있다. 이 아미노산의 동물간 유사성을 조사해 봐도 비슷한 결과를 얻을 수 있다. 예컨대 젖먹이 동물인 회색고래 의 시토크롬 C는 같은 젖먹이 동물인 원숭이보다 오리의 그것에 더 가까운 것으로 밝혀졌다. 또 두꺼비는 방울뱀보다 초파리와 더 유사 한 것으로 나타났다. 참치의 시토크롬 C도 같은 어류인 돔발상어 (dogfish)보다 오히려 토끼의 그것과 닮았다. 이상의 예를 통해 볼 때 상동기관은 진화의 증거가 될 수 없다.